Geschiedenis
In de 16e eeuw splitste een groot aantal christenen zich af van de toenmalige rooms-katholieke kerk. Dit noemen we de Reformatie. Deze mensen staan bekend onder de verzamelnaam 'protestanten', maar zij noemden zichzelf meestal anders. In Frankrijk en Duitsland heetten zij bijvoorbeeld 'evangelisch' en in Nederland 'gereformeerd' of 'hervormd'. De Nederlandse gereformeerde kerken hielden in 1618 een belangrijke vergadering in Dordrecht, waar allerlei afspraken met elkaar werden gemaakt. In de 17e en 18e eeuw kwamen er nieuwe ontwikkelingen. Er kwam meer nadruk op de persoonlijke beleving van het geloof. Deze beweging noemen we ook wel de Nadere Reformatie. Hiermee wordt aangegeven dat de beweging ook in de traditie van de 16e-eeuwse Reformatie wilde staan, maar daar een toespitsing aan wilde geven. De christelijke gereformeerde kerken zijn ook beïnvloed door deze beweging.

In de 19e eeuw kwam er in de grote Nederlandse gereformeerde kerk steeds meer invloed van stromingen die kritisch stonden tegenover de Bijbel. Ook de regering probeerde greep op de kerk te krijgen. Zo werd er een reglement opgelegd aan de kerk, die de afspraken die de kerken in 1618 hadden gemaakt, moest vervangen. Dit was het begin van de Nederlandse Hervormde Kerk, nog steeds de grootste protestantse kerk in Nederland. Deze ontwikkelingen riepen veel protest op. Dit leidde ertoe dat een aantal kerken zich in 1834 afscheidde van de Nederlands Hervormde Kerk. Deze beweging begon in het Groningse Ulrum, onder leiding van de predikant Hendrik de Cock. Zij bestond uit allerlei groepjes kerken. Twee daarvan waren de Christelijke Afgescheiden Gemeenten en de Gereformeerde Kerk onder het kruis. Deze twee groepen verenigden zich in 1869 en noemden zich voortaan Christelijke Gereformeerde Kerk in Nederland.

Synode
In 1886 kwam de zogenaamde Doleantie, onder leiding van de staatsman-predikant Abraham Kuyper. Hij wilde de Nederlands Hervormde Kerk van binnenuit herstellen. Hij ontmoette echter weinig begrip binnen die kerk, zodat zijn actie uitliep op een tweede afscheiding van een nieuwe groep kerken. Van de kant van de Christelijke Gereformeerde Kerk was er eerst sympathie voor deze beweging. Er waren echter ook bepaalde bezwaren, vooral tegen sommige opvattingen van de invloedrijke dr. Kuyper.Toen Kuyper in 1892 zijn nieuwe afscheiding doorzette, gingen veel christelijke gereformeerde kerken mee. Deze kerken heetten toen de Gereformeerde Kerken in Nederland.

Op 1 mei 2004 zijn deze kerken, samen met de oudere Nederlands Hervormde Kerk samengegaan in de Verenigde Protestantse Kerk in Nederland. Een klein deel van de christelijke gereformeerde kerken wilde in 1892 niet mee met de beweging van Kuyper en bleef zelfstandig. Zij zagen hun bezwaren niet beantwoord en daarom zetten zij de Christelijke Gereformeerde Kerk in Nederland voort. In 1894 werd de Theologische Hogeschool opgericht, sinds 1919 gevestigd in Apeldoorn aan het Wilhelminapark, dichtbij het centrum. Het ruime herenhuis waarin de opleiding begon, is inmiddels uitgebouwd tot een modern gebouwencomplex. In de jaren tachtig kreeg de opleiding de status van universiteit, zodat de officiële naam nu is: Theologische Universiteit Apeldoorn (TUA).